空調系統必須經過初效、中效、高效三級過濾處理的凈化空調系統。保證送入室內的空氣是潔凈空氣，能對室內污染空氣進行稀釋。
室內保證一定壓力，防止無塵室內空氣受外界空氣干擾。一般工業潔凈室要求室內與室外的壓差值為5-10Pa。
建筑圍護結構必須保證氣密性良好，建筑表面光滑，不產塵、不積塵、不泄露。
無菌室一般是在微生物實驗室內專辟的一個小房間，面積不宜過大，約4m2~5m2，高2.5m左右即可。無菌室外要設一個緩沖間、凈化風淋間及更衣間。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備必須有空氣過濾裝置。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺 lm。無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污垢，便于清潔。工作臺的臺面必須處于水平狀態。工作人員進入無菌室應在更衣室穿戴好滅菌的衣、帽、鞋，經過凈化風淋室，再到緩沖間，然后進入無菌室進行檢驗工作。
縣級市的企業一般實驗室多使用小型超凈工作臺。超凈工作臺其結構簡單，便于移動，工作臺內有紫外燈和凈化風機，外部是推拉式小門或開兩個洞的玻璃門，操作時將雙臂伸進去即可。
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